В Linux использую самосборные ядра, оставляя дефолтные только на момент установки. Так происходит и в Ubuntu

Но на сомосборном ядре у вас не будет работать VirtualBox и прочие бинарные пакеты собранные исключительно для дефолтные ядра

мой виртуалбокс ругался на новое ядро вот так:

WARNING: The character device /dev/vboxdrv does not exist.
         Please try to reload the kernel module by:

Чтобы избежать поиска модулей для своего ядра или устраивания локальной слаки, можно автоматически собрать этот модуль

sudo apt-get install virtualbox-ose virtualbox-ose-source
sudo module-assistant prepare
sudo module-assistant update
sudo module-assistant unpack virtualbox-ose
sudo module-assistant auto-install virtualbox-ose

после завершения сборки и установки появляется файл устройства /dev/vboxdrv