Столкнулся с такой проблемой не устанавливаются Cookie когда обращение идёт к корню сайта или директории

Оказалось, что проблема в том, что я использовался SSI для вызова скрипта для корня например

cat www/index.shtml 
<!--#include virtual="/cgi-bin/app.py?index=show"-->

shtml вызал скрипт и всё работало отлично кроме куков, пришлось создать дополнительное правило для mod_rewrite

RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_URI} ^/$
RewriteRule .* /cgi-bin/app.py?index=show [L]

В этом случае всё работает как и должно